昌吉在新疆维吾尔自治区。东与哈密接壤，西与石河子接壤，南与吐鲁番、巴音郭楞蒙古自治州接壤，北与塔城、阿勒泰接壤，东北与蒙古国接壤。
昌吉位于天山北麓，准噶尔盆地东南缘，地势南高北低，自东南向西北倾斜，属中温带。新疆昌吉回族自治州曾是古丝绸之路北新线通往中亚和欧洲的必经之路。自古以来就是西域的咽喉和北疆的屏障，是新疆丝绸之路经济带核心区的重要组成部分。
昌吉回族自治州地势南高北低，自东南向西北倾斜，南部为天山山脉，中部为广阔的冲积平原，北部为广阔的沙漠盆地。这一带是天山北坡，过去被称为“天山北坡”。
